Denoise live

import%20marimo%0A%0A__generated_with%20%3D%20%220.23.13%22%0Aapp%20%3D%20marimo.App(width%3D%22medium%22%2C%20app_title%3D%22Denoise%20live%22)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20import%20sys%0A%0A%20%20%20%20import%20marimo%20as%20mo%0A%0A%20%20%20%20return%20mo%2C%20sys%0A%0A%0A%40app.cell%0Aasync%20def%20_(mo%2C%20sys)%3A%0A%20%20%20%20%23%20Vendored%20wheels%20from%20public%2F%20keep%20the%20app%20off%20PyPI%2C%20same%20as%20the%0A%20%20%20%20%23%20showdiffraction%20app.%0A%20%20%20%20_VENDORED%20%3D%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22anywidget-0.11.0-py3-none-any.whl%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22comm-0.2.3-py3-none-any.whl%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22ipywidgets-8.1.8-py3-none-any.whl%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22jupyterlab_widgets-3.0.16-py3-none-any.whl%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22psygnal-0.15.1-py3-none-any.whl%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22typing_extensions-4.16.0-py3-none-any.whl%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22widgetsnbextension-4.0.15-py3-none-any.whl%22%2C%0A%20%20%20%20%5D%0A%20%20%20%20tifffile_wheel%20%3D%20str(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.notebook_location()%20%2F%20%22public%22%20%2F%20%22wheels%22%20%2F%20%22tifffile-2026.6.1-py3-none-any.whl%22%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20if%20sys.platform%20%3D%3D%20%22emscripten%22%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20import%20micropip%20as%20_mp%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_base%20%3D%20mo.notebook_location()%20%2F%20%22public%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20await%20_mp.install(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5Bstr(_base%20%2F%20%22wheels%22%20%2F%20w)%20for%20w%20in%20_VENDORED%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%2B%20%5Bstr(_base%20%2F%20%22showdiffraction_live-0.1.0-py3-none-any.whl%22)%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20ready%20%3D%20True%0A%20%20%20%20return%20ready%2C%20tifffile_wheel%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(ready)%3A%0A%20%20%20%20import%20io%0A%0A%20%20%20%20import%20numpy%20as%20np%0A%0A%20%20%20%20from%20showdiffraction_live%20import%20ShowDiffraction%0A%0A%20%20%20%20assert%20ready%0A%20%20%20%20return%20ShowDiffraction%2C%20io%2C%20np%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%20Denoise%20live%0A%0A%20%20%20%20Upload%20a%20diffraction%20pattern%20and%20denoise%20it%20from%20the%20widget%20toolbar.%20**Denoise**%20filters%20the%20view%20only.%20**Detect**%20sets%20the%20preprocessing%20that%20center%20refinement%20and%20spot%2Fring%20detection%20run%20on%2C%20and%20**Detect%20View**%20shows%20that%20frame%20in%20place%20of%20the%20raw%20one.%20Fits%20and%20measurements%20always%20use%20the%20raw%20counts%2C%20so%20smoothing%20never%20moves%20a%20reported%20d-spacing.%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20upload%20%3D%20mo.ui.file(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20filetypes%3D%5B%22.npy%22%2C%20%22.npz%22%2C%20%22.tif%22%2C%20%22.tiff%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20multiple%3DFalse%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20kind%3D%22area%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22Drop%20a%20diffraction%20pattern%20(.npy%2C%20.npz%2C%20.tif)%22%2C%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20upload%0A%20%20%20%20return%20(upload%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Aasync%20def%20_(mo%2C%20sys)%3A%0A%20%20%20%20%23%20Bundled%20real%20data%3A%20Fe3O4%20SAED%2C%20shown%20until%20a%20file%20is%20uploaded%0A%20%20%20%20import%20pathlib%0A%0A%20%20%20%20_loc%20%3D%20mo.notebook_location()%20%2F%20%22public%22%20%2F%20%22fe3o4_saed_512.npy%22%0A%20%20%20%20if%20sys.platform%20%3D%3D%20%22emscripten%22%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20from%20pyodide.http%20import%20pyfetch%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20default_bytes%20%3D%20await%20(await%20pyfetch(str(_loc))).bytes()%0A%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20default_bytes%20%3D%20pathlib.Path(_loc).read_bytes()%0A%20%20%20%20return%20(default_bytes%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Aasync%20def%20_(default_bytes%2C%20io%2C%20mo%2C%20np%2C%20sys%2C%20tifffile_wheel%2C%20upload)%3A%0A%20%20%20%20async%20def%20_load_array(name%2C%20data)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20lower%20%3D%20name.lower()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20lower.endswith(%22.npy%22)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20np.load(io.BytesIO(data)%2C%20allow_pickle%3DFalse)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20lower.endswith(%22.npz%22)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20with%20np.load(io.BytesIO(data)%2C%20allow_pickle%3DFalse)%20as%20bundle%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20arrays%20%3D%20%5Bbundle%5Bkey%5D%20for%20key%20in%20bundle.files%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20arrays%20%3D%20%5Barray%20for%20array%20in%20arrays%20if%20array.ndim%20%3E%3D%202%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20not%20arrays%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20raise%20ValueError(%22no%202D%20array%20found%20in%20the%20.npz%20bundle%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20max(arrays%2C%20key%3Dlambda%20array%3A%20array.size)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20lower.endswith((%22.tif%22%2C%20%22.tiff%22))%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20sys.platform%20%3D%3D%20%22emscripten%22%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20import%20micropip%20as%20_mp%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20await%20_mp.install(tifffile_wheel)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20import%20tifffile%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20tifffile.imread(io.BytesIO(data))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20raise%20ValueError(f%22unsupported%20file%20type%3A%20%7Bname%7D%22)%0A%0A%20%20%20%20load_error%20%3D%20%22%22%0A%20%20%20%20is_default%20%3D%20True%0A%20%20%20%20if%20upload.value%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20pattern_name%20%3D%20upload.value%5B0%5D.name%0A%20%20%20%20%20%20%20%20try%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20pattern%20%3D%20np.asarray(await%20_load_array(pattern_name%2C%20upload.value%5B0%5D.contents))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20pattern.ndim%20%3C%202%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20raise%20ValueError(f%22expected%20a%202D%2F3D%20pattern%2C%20got%20%7Bpattern.ndim%7DD%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20is_default%20%3D%20False%0A%20%20%20%20%20%20%20%20except%20Exception%20as%20exc%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20load_error%20%3D%20f%22%7Bpattern_name%7D%3A%20%7Bexc%7D%22%0A%20%20%20%20if%20is_default%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20pattern_name%20%3D%20%22Fe3O4%20SAED%20(bundled)%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20pattern%20%3D%20np.load(io.BytesIO(default_bytes)%2C%20allow_pickle%3DFalse)%0A%20%20%20%20mo.callout(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(f%22**Could%20not%20read%20the%20upload**%20%E2%80%94%20showing%20the%20bundled%20default.%20(%7Bload_error%7D)%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20kind%3D%22danger%22%2C%0A%20%20%20%20)%20if%20load_error%20else%20None%0A%20%20%20%20return%20is_default%2C%20pattern%2C%20pattern_name%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(ShowDiffraction%2C%20is_default%2C%20mo%2C%20pattern%2C%20pattern_name)%3A%0A%20%20%20%20_w%20%3D%20ShowDiffraction(pattern%2C%20title%3Dpattern_name%2C%20offline%3DTrue%2C%20verbose%3DFalse)%0A%20%20%20%20if%20is_default%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_w.phase_name%20%3D%20%22Fe3O4%22%0A%20%20%20%20viewer%20%3D%20mo.ui.anywidget(_w)%0A%20%20%20%20viewer%0A%20%20%20%20return%20(viewer%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Aasync%20def%20_(mo%2C%20sys%2C%20viewer)%3A%0A%20%20%20%20%23%20Background%3A%20scipy%20drives%20the%20filters%20and%20detection%2C%20scikit-image%20adds%0A%20%20%20%20%23%20the%20nlm%20and%20tv%20modes%3B%20both%20arrive%20after%20the%20widget%20renders%0A%20%20%20%20import%20importlib.util%0A%0A%20%20%20%20_%20%3D%20viewer%0A%20%20%20%20if%20sys.platform%20%3D%3D%20%22emscripten%22%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20import%20micropip%20as%20_mp%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20with%20mo.status.spinner(title%3D%22Loading%20denoise%20engine%E2%80%A6%22)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20await%20_mp.install(%22scipy%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20try%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20await%20_mp.install(%22scikit-image%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20except%20Exception%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20pass%0A%20%20%20%20_has_scipy%20%3D%20importlib.util.find_spec(%22scipy%22)%20is%20not%20None%0A%20%20%20%20_has_skimage%20%3D%20importlib.util.find_spec(%22skimage%22)%20is%20not%20None%0A%20%20%20%20if%20_has_scipy%20and%20_has_skimage%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_status%20%3D%20%22*Denoise%20engine%20ready%20%E2%80%94%20every%20mode%20is%20available.*%22%0A%20%20%20%20elif%20_has_scipy%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_status%20%3D%20%22*Denoise%20engine%20ready%20%E2%80%94%20nlm%20and%20tv%20need%20scikit-image%20and%20stay%20unavailable.*%22%0A%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_status%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22*Denoise%20engine%20unavailable%20%E2%80%94%20install%20%60showdiffraction-live%5Bfull%5D%60%20%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22for%20denoising%20and%20detection.*%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20mo.md(_status)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0Aif%20__name__%20%3D%3D%20%22__main__%22%3A%0A%20%20%20%20app.run()%0A